1645年，随着与五世达赖喇嘛罗桑嘉措联合统治西藏12年的蒙古和硕特部首领固始汗的去世，联合政权中和硕特一方的权力急剧削弱，政权的中心逐步向格鲁派领袖人物五世达赖喇嘛的手中转移。继固始汗以后的几任和硕特汗王虽在西藏驻留达63年之久，但并未掌握统治西藏的实际权力，联合统治形同虚设。故这63年被称为后固始汗时期。后固始汗时期，原来西藏地方政教两权分立的政治格局逐步演化为政教合一的集权制统治，五世达赖喇嘛的政教权力达到了登峰造极的地步。这一时期，五世达赖喇嘛不仅以西藏首席教派领袖的身份统领着藏区各教派，而且在和硕特汗王的继位、格鲁派政权各级官员的任免以及对西藏乃至整个藏区僧俗贵族封赐土地属民等大量世俗事务中都起着绝对的、不可替代的作用。这种新的政治格局的形成，为以后清朝政府正式册封七世达赖喇嘛为西藏政教合一的领袖，并授权管理西藏政教事务做了铺垫。青海社会科学院藏学所所长马林副研究员在2002年第3期《青海民族学院学报》上发表题为《后固始汗时代五世达赖权利的集中与扩张》，从左右和硕特汗位的继立；掌管各级官员的任免权；封赐僧俗贵族土地属民；积极联络蒙古各部首领等方面进行了深入的探讨。